Характер и степень развития корневой системы значительно зависят от механических свойств почвы. На легких и плодородных почвах корневая система мощная, распределяется относительно равномерно во все стороны, углубляясь на 60–80 см и простираясь по горизонтали в радиусе более 1 м при достаточном количестве влаги; в засушливые годы корни проникают на глубину 120–130 см. На тяжелых почвах корни располагаются горизонтально, проникая в глубину на 35–50 см. Характерным для перца является и то, что основная масса корней сосредоточена по глубине в слое почвы от 15 до 30 см. Ниже 40 см их встречается значительно меньше, а на уровне 60 см появляются единичные корешки. Интенсивность нарастания массы корней значительно изменяется в зависимости от возраста растений. Относительно слабая активность прироста проявляется до закладки генеративных органов цветка. Затем наступает период своеобразной вспышки в росте корней, который продолжается до начала плодообразования. В дальнейшем ростовые процессы в корневой системе заметно ослабевают. На долю корней приходится в зависимости от сорта 14,9-25,8 % общей массы растения. Восстановительная способность корневой системы у перца выражена слабо, поэтому целесообразно рассаду выращивать без пикировки, т. к. масса корней у такой рассады в 1,5 раза больше.

Стебель в начале вегетации мягкий, сочный, а к периоду созревания плодов у основания древеснеет и часто становится опробковевшим. В зависимости от числа стеблевых узлов и длины междоузлий внешний вид растений перца значительно изменяется. Как правило, для карликовых форм характерны короткие междоузлия и ограниченность разветвления, а для высокорослых — длинные при многочисленности ветвлении. Условия культуры определяют как длину междоузлий, так и количество узлов ветвления. Загущение растений при обильном питании и оптимальном увлажнении почвы, а также недостаток освещения приводит к удлинению междоузлий. Стебель имеет четырех-пятигранную форму сечения. Высота растений изменяется в зависимости от сорта и условий выращивания от 20 до 125 см в открытом грунте и до 3 м в защищенном фунте.