Главный стебель заканчивается генеративной точкой, а в пазухах верхних 2, а иногда и 3 листьев начинают развиваться короткие побеги второго порядка, образуя вилкообразное разветвление. В свою очередь каждый из этих побегов заканчивается бутоном, а из пазух имеющихся 2 (очень редко 3) листьев супротивно вырастают побеги третьего порядка. Такое четко выраженное ветвление наблюдается до осей четвертого и даже пятого порядков, если условия для растения будут благоприятны. В дальнейшем развитие получает 1 из 2 побегов на каждой ветви. Главный стебель у многих сортов перца разветвляется у основания, образуя пасынки. Число последних зависит от особенностей сорта и внешних условий. Пасынки разветвляются аналогично главному стеблю. Цветки и плоды образуются в местах разветвления стебля, поэтому чем лучше условия для развития растений, тем лучше они будут ветвиться и тем выше продуктивность.

В зависимости от особенностей ветвления стебля у перца выделяют 3 формы куста: штамбовые растения (одностебельные, ветвящиеся только у вершины главного стебля), полуштамбовые (имеют в нижней части главного стебля 1–3 коротких побега), кустистые (главный стебель ветвится от самого основания, и боковые побеги по длине больше половины высоты куста).

Прищипка главного стебля над пятым-восьмым листом (перед бутонизацией) устраняет апикальное доминирование, активизирует рост боковых побегов, на которых образуется много дружно созревающих плодов, а урожай их повышается на 30 %. При этом количество зрелых плодов при первой одновременной уборке увеличивается в 2 раза и достигает 70 % от общего урожая. Кроме того, раскидистый куст притеняет почву и нижние части стебля, что ослабляет перегрев их и снижает увядание растений.

Форма, размер и число листьев на растении перца значительно изменяются в зависимости от возраста и условий выращивания.