В теплицах длина листовой пластинки перца 15–18 см, в то время как при выращивании тех же сортов в открытом грунте — до 10 см. Листья простые, цельнокрайние и черешковые. Расположение на побеге очередное, иногда встречается мутовчатое и супротивное. Преобладающие формы листовой пластинки — яйцевидная (различных модификаций) и ланцетовидная. Встречаются также переходные между ними типы. К фазе плодообразования и созревания плодов листовая пластинка молодых листьев становится уже, приобретая более удлиненную форму. Форма верхушки листовой пластинки заостренная, но в зависимости от сорта может иметь округленную, острую (узкоострую или тупоострую) или изогнутую вершину. Окраска листьев варьирует от светло- до темно-зеленой. Черешок листа у перца хорошо развит. В период плодоношения и к концу вегетации появляются листья с наиболее короткими черешками. Число листьев и общая листовая поверхность значительно изменяются в зависимости от сорта и условий выращивания. На одном растении перца в зависимости от сорта может образоваться до 230–300 шт. листьев, размер которых определяется условиями увлажнения и обеспеченности почвы элементами питания. Общая масса листьев составляет примерно 1/4 от общей массы растения. Семядольные листья сохраняются более 2 месяцев и выполняют очень важную роль в ростовых процессах. Удаление их через 2–3 дня после всходов заметно замедляет рост молодого растения.

Цветки колесовидной формы, одиночные, парные или собраны пучками, пятичленные, реже семичленные, венчик белый, желтый, фиолетовый или белый с фиолетовыми пятнами. Формируются по 1 на каждой боковой ветви (у некоторых разновидностей по 2 и более) и, как правило, располагаются у основания развилок ветвящихся побегов. На вершине главной оси (первое разветвление) иногда образуется 2 и более цветка, появляющихся не одновременно. Количество цветков не одинаково по различным ярусам разветвлений.