С приходом к власти иноземной династии в 1644 г. многое изменилось в судьбе Ли Юя. В то время ему исполнилось тридцать три года.

Маньчжуры прошли с огнем и мечом по всей стране, но едва ли не больше всех пострадал район Южноречья (Цзяннань) — родные места Ли Юя, ибо именно здесь, как уже говорилось, довольно долго сильны были антиманьчжурские настроения. Дом писателя в Учане сгорел вместе с книгами и рукописями. Ли Юй вынужден был продать усадьбу в Ланьси и остался почти без средств к существованию. Началась полоса скитаний и бедствий.

К счастью, писателю помогли друзья, занявшие высокие посты при маньчжурах. В 1648 году Ли Юй переехал в Ханчжоу и поселился возле озера Сиху, воспетого поэтами. Воспел его и Ли Юй в некоторых своих стихотворениях и рассказах. В Ханчжоу началась плодотворная и активная литературная деятельность писателя. Здесь он написал большую часть своих пьес, цикл повестей, названных «Беззвучными пьесами», некоторые произведения, впоследствии вошедшие в книгу «Двенадцать башен».

Прожив в Ханчжоу десять лет, Ли Юй переехал в Нанкин, прежнюю столицу империи Мин, крупный торговый и культурный центр. Здесь в разные годы жили многие общественные деятели, литераторы, ученые, не пожелавшие служить новой власти. Их взгляды оказали большое воздействие на общественную мысль той поры.

В Нанкине Ли Юй прожил двадцать лет — до 1678 года — и прославился как литератор, теоретик и практик театра, а также как книжный издатель. О популярности Ли Юя среди некоторых слоев интеллигенции можно судить по весьма широкому кругу его друзей и знакомых. Среди них такие знаменитые люди, как поэт и драматург У Вэйе, поэт Ван Шичжэнь, ученый и литератор Цянь Цяньи, исследователь классики Ма Цилин. Еще в молодые годы Ли Юй был знаком со знаменитым Фэн Мэнлуном — автором трех больших сборников повестей «Троесловие», с художником-иллюстратором Чэнь Хуншоу и другими. Характерно, что среди друзей и знакомых Ли Юя было немало представителей «низов»: актеров, торговцев.