Творческая деятельность Ли Юя в это время весьма разнообразна. В Нанкине Ли Юй пишет литературные произведения, сочинения по истории, занимается исследованиями в области искусства. Важную сферу его деятельности составляет издательская работа. В своей небольшой усадьбе, которую он назвал «Садом с горчичное зерно», он издавал разные книги по литературе, искусству, истории. Он был одним из тех деятелей культуры XVII века, который активно пропагандировал издание образцов демократической литературы. В его печатне появились первые выпуски замечательной энциклопедии рисовального искусства — «Слово о живописи из Сада с горчичное зерно». Авторами статей были нанкинские художники — друзья и знакомые Ли Юя, а также он сам.

Особым поприщем Ли Юя стал театр. Ли Юй создал своеобразную домашнюю труппу, выступавшую в Нанкине и его окрестностях, а также в других городах страны, куда приглашали Ли Юя его друзья.

В конце семидесятых годов, после долгих скитаний со своей труппой. Ли Юй вернулся в Ханчжоу. Умер он в 1679 году (иногда упоминается 1680 г.). Спустя более ста лет в сборнике эссе некоего Чжао Куаньфу промелькнула такая запись о Ли Юе: «В последние годы Ли Юй выбрал место для жилища на восточном склоне горы Обитель облаков. Если подняться по ступеням и посмотреть вниз, увидишь городскую стену с вратами и озеро Сиху. Дымчатые облака по утрам и вечерам здесь самой причудливой формы. Ли Юй назвал это место Ступенчатым садом... К писателю приходили гости. Не было дня, чтобы здесь не звучали музыка и пение. И вот он умер и похоронен на восточном склоне горы Девяти светил...»

Творческое наследие Ли Юя не слишком велико, зато разнообразно и самобытно. Основные его произведения: собрание высокой прозы и стихотворений — «Слово Одного» («И цзя янь»), к которому относят эссе об искусстве, театре, рассуждение о жизни — «Случайное пристанище для праздных дум» («Сяньцин оуцзи»).