Связь с "союзниками" дискредитировала Столыпина. Причиной этого был не только их бандитизм. Они поносили премьера и правительство, не стесняясь в выражениях, несмотря на получаемые деньги. Поэтому отношения Столыпина с союзом летом 1907г. стали ухудшаться, произошла заминка в выдаче средств. Глава союза А. И. Дубровин попросил начальника Петербургского охранного отделения полковника А. В. Герасимова, близкого сотрудника Столыпина, быть посредником. Он отказался из-за резкой компании, проводимой против премьера газетой Дубровина "Русское знамя".
Глава союза все же уговорил Герасимова и тот убедил Столыпина, который нехотя "распорядился о выдаче 25 тысяч рублей" союзу (80) . На следующий день в "Русском знамени" говорилось будто "Столыпин дал эту сумму за то, чтобы Дубровин не печатал известных статей, как бы подкупил его" (81) . Премьер стал добиваться смещения Дубровина и в 1910 г. Главный совет союза полностью обновился. Дубровин был вынужден сам уйти и впоследствии создал новую черносотенную организацию Всероссийский Дубровинский союз русского народа (82) .
Видный кадетский публицист, член ЦК партии народной свободы В. П. Обнинский, характеризуя Николая II, писал: "Царь не раз говаривал преданному слуге Петру Аркадьевичу: "Отчего Вы не запишитесь в "Союз русского народа" ? Ведь Дубровина теперь там нет". Затем Обнинский добавлял: "Да, Дубровина - то не было, зато Николай оставался" (83) .
До своей кончины Столыпин продолжал контактировать с "Союзом русского народа", но не дубровским, а обновленным, более умеренным (84) .
22 мая 1907 г. Столыпин издал циркуляр No 20 по министерству внутренних дел, предложивший Курскому губернатору приостановить "впредь до пересмотра общего вопроса о праве жительства евреев" выселение евреев, поселившихся вне черты оседлости на законном основании, но утратившим по каким-либо причинам это право, а также имеющих семью и "домообзаводство".