С 1481 года Боттичелли работал в Риме. Для Сикстинской капеллы он пишет три фрески: «Сцены жизни Моисея», «Исцеление прокаженного», «Наказание Корея, Дафана и Авирона». В 1482 году художник вернулся во Флоренцию и больше не покидал ее.

В том же 1483 году Лоренцо Великолепный заказал Боттичелли, среди других известных живописцев, выполнить цикл настенных росписей на своей вилле в Спедалетто около Вольтерры. В 1483–1484 годы Боттичелли создает свою знаменитую картину «Рождение Венеры».

«По зыбкой поверхности моря скользит раковина с золотоволосой богиней. Дуновением Ветров раковину несет к берегу, где Венеру ожидает Нимфа. Образ Венеры – один из наиболее пленительных женских образов, созданных Боттичелли: одухотворенное лицо с мечтательно устремленными вдаль глазами, удлиненных пропорций. Фигура – воплощение женственности, чувственной грации и красоты» (О.М. Персианова)

Среди многочисленных изображений мадонн знаменита «Мадонна во славе», известная под названием «Магнификат». Группа ангелов окружает богоматерь с младенцем, два из них возлагают корону на голову Марии. Группа мастерски вписана в круг, так называемое тондо, форме которого вторят плавные изгибы фигур.

В это же время художник пишет множество портретов, которые представляют собой точные характеристики моделей: Джулиано Медичи, Микеле Марулло, Лоренцо Лоренцано и др.

В девяностые годы Флоренция переживает политические и социальные потрясения – изгнание Медичи, кратковременное правление Савонаролы с его обличительными религиозно-мистическими проповедями, направленными против папского престижа и богатого флорентийского патрициата.

Раздираемая противоречиями душа Боттичелли, чувствовавшая красоту мира, открытого Ренессансом, но боявшаяся ее греховности, не выдержала. В его искусстве начинают звучать мистические ноты, появляются нервозность и драматизм.