Опричнина клонилась к закату. Ее вожди окончили жизнь на плахе. Править без земской знати Грозный не мог. Из-за казней Боярская дума стала совсем малочисленной. Следуя традиции, государь должен был вернуть Шуйских в думу.

В 1569 г. большая турецкая армия попыталась захватить Астрахань, но потерпела неудачу. Осенью следующего года Крымская орда обрушилась на южные уезды России. Против татар выступили главные силы русской армии во главе с Бельским. Князь Иван Шуйский командовал сторожевым полком. Этот полк первым вступал в бой, и вести его поручали обычно опытным и храбрым командирам. Шуйский оправдал надежды и к маю 1571 г. уже носил боярский чин.

Внутренняя смута и казни, потрясшие Россию, подтолкнули Крым к решительным действиям. В мае 1571 г. хан Девлет-Гирей обрушился на Москву. Шуйский вновь выступил против татар как воевода земского сторожевого полка. Кампания завершилась тягчайшим поражением. Крымцы спалили Москву.

Катастрофа не отразилась на военной карьере князя Ивана. Его полк сохранил боеспособность. Этим можно объяснить то, что после отхода Орды царь велел Шуйскому оставаться на главных оборонительных позициях в Серпухове. Иван Андреевич получил чин воеводы большого полка, и государь подчинил ему воеводу полка левой руки Ивана Петровича Шуйского. Главнокомандующий русской армии Бельский погиб при пожаре Москвы. Его полк понес огромные потери на улицах горящего города.

Воевода Шуйский не мог избавиться от тревоги. 27 января 1572 г. он пожертвовал 40 рублей на помин души казненного царем отца и матери. Но тревога оказалась напрасной. В карьере князя наступил крутой поворот.

Опричнина утратила всякую привлекательность, и ей нужен был новый фасад. При учреждении опричнины знать в «государеву светлость» не пускали. В момент отмены опричнины ее думу возглавляли представители высшей аристократии. Весной 1572 г. Иван Андреевич Шуйский сопровождал Ивана IV в Новгород как первый боярин «из опришнины».