В конце апреля 1586 г. регент Никита Романов-Юрьев умер. Последовавшее затем народное возмущение возвысило Шуйских и едва не погубило Годуновых. Царские дипломаты поспешили выступить за рубежом с категорическим опровержением слухов о том, что московские правители «в Кремли-городе, в осаде сидели». «Того не бывало, — заявили послы, — то нехто сказывал негораздо, бездельник. От ково, от мужиков в осаде сидеть? А сторожи в городе и по воротам, то не ново, издавна так ведетца для всякого береженья». Дипломаты говорили неправду. Летописи и монастырские записи не оставляют сомнений на этот счет. Расходные книги Чудова монастыря засвидетельствовали факт осады Кремля с полной определенностью. В середине мая 1586 г. монастырь закупал боеприпасы «для осадного времени». Как видно, монастырские слуги в дни осады охраняли кремлевские стены вместе со стрельцами.

Летописи позволяют заключить, что внезапно вспыхнувшее возмущение застало правителей врасплох. Народ — «московских людей множество» — ворвался в Кремль и запрудил площадь перед Грановитой палатой. Толпа требовала выдачи Бориса. Москвичи, повествует летописец, хотели побить камнями «без милости» всех Годуновых разом. Борис бессилен был защитить себя и своих близких.

Но разбушевавшаяся народная стихия ошеломила власть имущих. Бояре старались любой ценой успокоить чернь и удалить ее из Кремля. Ради достижения этой цели им пришлось помириться между собой. Роль мировых посредников взяли на себя прославленный воевода Иван Шуйский и митрополит Дионисий.

От имени всех бояр регент Иван Шуйский заверил народ в том, что «им на Бориса нет гнева», что они «помирилися и впредь враждовать не хотят меж себя». Шуйские имели возможность расправиться с Годуновыми, натравив на них толпу. Поведение народа не оставляет в том сомнения. Двое «торговых мужиков» — вожаки толпы — в запальчивости начали было спорить с боярином. «Помирилися вы есте нашими головами, а вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть да и нам погинуть». Но Шуйским были чужды методы опричнины. Прибегать к незаконным мерам такого рода было не в правилах регента.