Момент был упущен, и настроение толпы переменилось. Как только народ покинул Кремль, бояре немедленно затворили все ворота, расставили стрельцов на стенах и окружили многочисленной стражей Государев двор. Началось известное по дипломатическим документам «сидение» в Кремле в осаде.

Люди Бориса позаботились о том, чтобы с наступлением ночи захватить двух купцов-смутьянов, перечивших Шуйскому. Они были немедленно сосланы «безвестно, неведомо куды».

Судьба Годуновых, казалось, висела на волоске. Борис все больше утверждался в намерении искать спасения за рубежом. Лагерь его сторонников таял на глазах.

Знать спешила использовать ничем не прикрытое поражение Бориса, чтобы окончательно избавиться от него. Шуйские инспирировали новое выступление земщины против Годуновых. Как русские, так и иностранные источники совершенно различного происхождения одинаково свидетельствуют о том, что оппозиция пыталась принудить царя к разводу и тем нанести смертельный удар влиянию Бориса.

Согласно летописи, митрополит, большие бояре, столичные гости просили Федора «вся земля царские державы своея пожаловати, прияти бы ему второй брак, а царицу первого брака Ирину Федоровну пожаловати отпустить во иноческий чин и брак учинити ему царьскаго ради чадородия».

Боярская дума, записал шведский агент Петр Петрей, имела обычай разводить великих князей с бездетными женами. Московские власти и простой народ намеревались отправить в монастырь великую княгиню. Но Борис расстроил эти замыслы.

Осведомленный московский дьяк Иван Тимофеев подтверждает шведскую версию. В обычных для него витиеватых выражениях он повествует о том, что Борис насильственно постригал в монастырь девиц — дочерей первых после царя бояр, «яко да не понудится некими царь приняти едину от них второбрачием в жену неплодства ради сестры его» (сестры Бориса Годунова — царицы Ирины).