Упрямство Федора, его отказ развестись с Ириной ставили думу в трудное положение. Главный регент Шуйский и дума обязаны были позаботиться о том, чтобы царь имел законного и принятого народом наследника. Бояре исчерпали все легальные средства и рано или поздно должны были вспомнить о младшем сыне Грозного.

Столкновение между Боярской думой и слабоумным самодержцем вызвало кризис, быть может, самый серьезный со времени опричнины. Через своих многочисленных клиентов бояре старались сформировать неблагоприятное для царской семьи общественное мнение. Никогда еще на Руси не слышно было столько непотребных толков о великом государе и царице. Клевету распространяли враги Годунова. Им надо было очернить помазанника Божьего в глазах народа, доказать, что «дурак» не может добиться повиновения даже от своих ближайших родственников и придворных. Толки о скандалах в царской семье готовили почву для переворота. Достаточно было на несколько часов изолировать юродивого царя от его окружения — Годунова и его родни, — чтобы учредить над самодержцем законную опеку.

Кризис достиг высшей точки, и власти пустили в ход репрессии. 13 октября 1586 г. митрополит Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и сослан в Хутынский монастырь в Новгороде. Его «собеседника» архиепископа Крутицкого Варлаама Пушкина заточили в новгородский Антониев монастырь. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении.

Вслед затем Годуновы обрушили удар на Боярскую думу. В январе 1587 г. Посольский приказ через своих представителей за рубежом официально уведомил королевский двор о том, что царь отослал боярина Андрея Шуйского в деревню, а «опалы на него никоторые не положил», что боярин повинен в «воровстве» — «к бездельником приставал», а с ним вместе «поворовали были, не в свойское дело вступилися, к бездельником пристали» московские «торговые мужики».