С окончанием Гражданской войны на Украине на первое место ставился вопрос о борьбе с бандитизмом и повстанческим движением на Правобережье, существенно затруднявшими восстановление мирной жизни. Одним из центров этой борьбы стала Подольская губерния, имевшая выходы к польской и румынской границам, кишевшая бандами, периодически уходившими и возвращавшимися из-за кордона.

В марте 1921 года Заковского назначили председателем Подольской губернской ЧК (в дальнейшем — Подольского губернского отдела ГПУ) в Винницу, где ему предстояло работать три года. Руководство ВУЧК в лице ее председателя В.Н. Манцева и начальника Секретно-Оперативного управления и Особого отдела Е.Г. Евдокимова перебросило дополнительно в Подолию свои лучшие чекистские силы. Здесь Заковский встретил старых товарищей — членов Коллегии Подольской губЧК Э.Я. Грундман и Ф.Т. Фомина. Начальником секретно-оперативной части работал Владимир Николаевич Гарин, он станет на многие годы самым ближайшим товарищем и другом Заковского, его «тенью» в чекистском аппарате.

О многих эпизодах работы чекистов в Подольской губернии можно узнать из книги Ф.Т. Фомина «Записки старого чекиста», а мы ограничимся лишь кратким перечнем операций, в которых довелось участвовать члену коллегии и начальнику Административно-организационного отдела Подольской губЧК Э.Я… Грундман, изложенным в ее автобиографии: «…За время работы участвовала и руководила ликвидацией следующих банд: банда Нечая — сдалась благодаря агентурной работе среди банды и лично ездила на переговоры. Банда Шевчука — была уничтожена в бою.