В феврале 1936 года советское руководство в очередной раз отметило деятельность Заковского. Как командующий пограничными войсками НКВД Ленинградского округа, он был награжден орденом Красной Звезды. Вместе с руководителем ленинградских чекистов награды получили 30 пограничников (в том числе начальник УПВО УНКВД комбриг А.А. Ковалев). Орден Красного Знамени присвоили и Сестрорецкому пограничному отряду НКВД.

На протяжении 1935–1936 гг. руководящий состав УНКВД продолжал пополняться «знакомыми лицами». Так, начальником ЭКО стал М.А. Волков-Вайнер, заместителем начальника УНКВД (вместо уехавшего в Москву Николаева-Журида) был назначен В.Н. Гарин, а начальником УНКВД по Карельской АССР, оперативно подчиненного Заковскому, стал капитан госбезопасности К.Я. Тениссон.

Отставку Ягоды и приход нового наркома внутренних дел Н.И. Ежова Заковский и его аппарат приняли с энтузиазмом. Сам Заковский был вызван на февральско-мартовский (1937 г.) пленум ЦК ВКП(б), где решалась судьба злосчастного «отставника», и обрушил на его голову жестокие обвинения. Главными его пунктами были: развал Ягодой работы ГУГБ, отсутствие работы с агентурой и следствием и порочная кадровая политика — «подбор своих людей», склоки и интриги внутри чекистского ведомства. Касаясь вопроса работы органов НКВД на местах, Заковский обвинил Ягоду в покровительстве двум, опальным к тому времени, чекистам — Н.Н. Алексееву и Г.П. Матсону.

Николай Николаевич Алексеев — это тот самый бывший заведующий организационным отделом Одесского губкома партии, знакомый Заковского по Одессе. Бывший крупный деятель партии левых эсеров, Алексеев сделал в ВЧК-ОГПУ-НКВД блестящую карьеру, несколько лет был на руководящей работе в центральном аппарате, а в апреле 1932 года «принял дела» у Заковского как полпред ОГПУ по Западно-Сибирскому краю.