В водоворот репрессий 1937 года в первую очередь попали сотрудники УНКВД, так называемые представители враждебных национальных меньшинств — поляки, финны, эстонцы, немцы, польские евреи и т. д. Среди чекистов, арестованных при Заковском, оказались: бывший начальник ОК УНКВД (при Медведе) поляк В.Ф. Поличкевич, начальник Всеволжского РО НКВД финн С.Ф. Вейколайнен, сотрудники 3-го отдела УГБ УНКВД эстонцы, братья Э.Г. и А.Г. Аксель, поляки, заведующий фотолабораторией УНКВД Ф.К.Краевский и начальник отделения отдела резервов УНКВД А.Н. Дроздов, сотрудник 5-го отдела (00) УГБ УНКВД эстонец А.Ф. Пюви и другие. Среди «врагов народа» оказались и чекисты, русские по происхождению, — начальник морского отдела УПВО УНКВД К.М.Бабицкий, заместитель начальника Псковского окружного отдела НКВД С.И. Иванов, сотрудник ОО ГУГБ НКВД 19-го стрелкового корпуса Е.И. Королев.

3 сентября 1937 года арестовали начальника Музея истории УГБ УНКВД Е.А. Фортунатова. Вначале арест был произведен особоуполномоченным УНКВД «в дисциплинарном порядке». Поводом к таким действиям стали якобы распускаемые Фортунатовым провокационные слухи. 21 сентября 1937 года была получена и санкция на официальный арест старого чекиста по обвинению в преступлениях, предусмотренных статьей 58–6 УК РСФСР (шпионаж)

Е.А. Фортунатов,

Фортунатов пытался привлечь помощника начальника 3-го отдела УГБ УНКВД Мигберта к ответственности. Но успеха не имел и стал поговаривать в кругу сотрудников УНКВД, что «Мигберт и Шапиро (Шапиро-Дайховский — М.Т, АЛ.) из-за националистических побуждений задались целью погубить всех русских сотрудников».