Обвинили Фортунатова и в шпионаже. Он, старый сотрудник Иностранного отдела (в 20-е годы Фортунатов работал резидентом ГПУ-ОГПУ в Китае, руководил дальневосточным сектором ИНО ОГПУ) оказался «…агентом разведывательного отдела японского Генерального штаба, а в 1936 году был завербован польским вице-консулом в Ленинграде Каршем для шпионской работы в пользу Польши», а также «…внедрил в секретный аппарат УНКВД шпионов и разведчиков». Постановлением Комиссии НКВД и Прокурора СССР от 4 января 1938 года Е.А. Фортунатов был осужден к вмн — расстрелу. 11 января 1938 года приговор привели в исполнение

Под арестом оказались и бывший начальник ЭКО УГБ УНКВД ЛО (к тому моменту управляющий одного из трестов НКОП СССР) А.Л. Молочников и заместитель начальника 3-го отдела УГБ УНКВД Я.П. Ржавский (в 1933–1936 гг. заместитель начальника ЭКО ПП — УГБ УНКВД ЛО). Они обвинялись в принадлежности «…к антисоветской заговорщической организации, готовившей свержение Советской власти и совершение террористических актов над руководством партии и Советского правительства»

Деятельность руководства ЭКО ПП ОГПУ — УГБ УНКВД в Ленинграде пристально изучалась командой Заковского. Дело в том, что в конце 1936 года из Москвы поступило оперативное приказание: «Тщательно проверить все следственные дела о взрывах, авариях, пожарах… во всей системе народного хозяйства и транспорта в целях выявления контрреволюционной вреди- тельско-диверсионной деятельности троцкистов и вредителей, не выявленной в свое время органами…». Все стали изучать старые уголовные дела (главным образом разрабатываемые экономическими подразделениями органов госбезопасности) «…под углом выявления контрреволюционной вредительско-диверсионной подоплеки». Тем более что значительная часть этих дел «…в свое время прошла в судах, как нарушение техники безопасности, халатность, бесхозяйственность»

Вскоре на его стол легли донесения о том, что ряд аварий на оборонных предприятиях Ленинграда и области не являлись нарушениями техники безопасности, а носили диверсионно-вреди- тельский характер.