Исход чекистов-латышей из Ленинградского УНКВД начался с отъездом Заковского в Москву. Весной 1938 года был арестован Состэ (погиб на следствии), чуть позднее Северную столицу покинули Дукис, Стамур, Бирн, Краузе.

Руководитель ленинградских чекистов держал под жестким контролем процесс массовых арестов и расстрелов. Как и всегда, Заковский проявлял чудеса энергии, но сказывалось отсутствие под руками ушедших на повышение сотрудников, а новые, пришедшие на их место, не обладали должным опытом и распорядительностью. Подгоняя их, Заковский неоднократно издавал приказы о «преступно-халатном выполнении» его распоряжений: «…Несмотря на неоднократные предупреждения и указания, мобилизация всех сил и средств на уточнение учета и сбор компрометирующих материалов на подлежащий репрессированию контингент, работа эта, по имеющимся в УНКВД ЛО сигналам, поставлена в большинстве РО НКВД явно неудовлетворительно. Проведенная Вами до настоящего времени учетно-подготовительная работа к операции, характеризуя Вашу оперативную бездеятельность, свидетельствует о безответственном отношении к выполнению важнейшего решения директивных органов о нанесении решительного удара по активизировавшемуся контрреволюционному элементу…»

Но не всегда Заковский изъяснялся на таком чекистском канцелярите. На всем протяжении лета — осени 1937 года центральные и местные газеты печатали отдельные отрывки из его публицистического опуса о методах борьбы иностранных разведок против Советского Союза. В октябре 1937 года Партиздат при ЦК ВКП(б) издал миллионным тиражом его брошюру под грозным названием «Шпионов, диверсантов и вредителей уничтожим до конца».