Тем более что успехи Заковского по борьбе с «врагами народа» были высоко оценены на совещании руководящего состава НКВД СССР, состоявшемся 24 января 1938 года в Москве. Леонид Михайлович активно делился со своими коллегами «наработками» по разгрому контрреволюционных организаций в Ленинграде и области. Так, после окончания следствия по какому-нибудь крупному делу ленинградские чекисты обязательно оставляли некоторых ее участников в живых, чтобы они могли изобличить новых арестантов. Именно отсюда, по словам Заковского и «…быстрый ход следствия, и быстрый разгром организаций. Поэтому у нас был большой процент сознавшихся»
В результате по словам Заковского в Ленинграде не осталось ни одного крупного завода, где не были бы выявлены немецкие, польские и латвийские диверсионные или шпионские группы, как действующие, так и законсервированные на случай войны
Лишь почти через два месяца (28 марта 1938 года) на работу в центральный аппарат НКВД перебрался Н.Е. Шапиро-Дайховский, ставший заместителем начальника 2-го Управления (Особые отделы) НКВД СССР. В этот же день приказом Ежова его непосредственным руководителем, начальником 2-го Управления НКВД был назначен Заковский (сохранивший при этом все ранее занимаемые должности).
В Москве Заковский пробыл всего четыре месяца (январь — апрель), но оставил о себе крепкую память. К началу 1938 года значительная часть московской партийно-советской номенклатуры была буквально выкошена органами НКВД. Были репрессированы фактически все секретари МК и МГК партии (из 38 секретарей МК и МГК, работавших в 1935–1937 гг., избежали репрессий лишь трое), большинство секретарей райкомов и горкомов ВКП(б) (136 из 146), многие руководящие советские, профсоюзные, хозяйственные, комсомольские руководители, специалисты, деятели науки и культуры
И, тем не менее, Заковский сумел развить на новом месте работы активнейшую деятельность. Комиссар госбезопасности 1-го ранга С.Ф. Реденс из рассказов своих московских друзей-чекистов узнал, что «Заковский… за два месяца арестовал двенадцать с половиной тысяч человек, причем аресты проводились по телефонной книжке, лишь бы фамилия была похожа на польскую, латышскую, болгарскую и т. д.».