14 апреля 1938 года Политбюро ЦК ВКП(б) приняло постановление «О т. Заковском», по которому последний был освобожден от обязанностей заместителя наркома внутренних дел СССР. Причину снятия объяснили тем, что в работе УНКВД Ленинградской области выявился ряд серьезных недостатков, как то: «…переписка заключенных с волей… создание дутых дел; засоренность аппарата УНКВД шпионскими элементами, которые работали до последнего времени, несмотря на имеющиеся ни них компрометирующие материалы»
Первые звонки о возможном падении Леонида Михайловича появились еще в конце 1937 года, когда из Ленинграда пришли данные о бытовом разложении начальника областного УНКВД (пьянки с участием женщин сомнительного поведения). В Центре хорошо помнили о том, чем закончилось «заглядывание на дно бутылки» у предшественника Заковского (Медведя), а потому Ежов добился перевода Заковского в аппарат НКВД, надеясь, что здесь под его личным контролем тому удастся изжить эти вредные привычки
Но вероятнее всего наркому внутренних дел так и не удалось удержать на коротком поводке ретивого Леонида Михайловича. С ним пришлось расстаться. В бумагах Ежова в качестве «…примера прегрешений Заковского встречается без расшифровки упоминание о его разговорах о Сталине»
Бесповоротное крушение Заковского началось 20 апреля 1938 года, когда он был снят со всех должностей и переведен начальником строительства Куйбышевского гидроузла НКВД. При снятии ему было заявлено, что он должен своей работой на новом месте восстановить полное к себе доверие. Но наш герой увидел в отставке главное: началось крушение его карьерного пути. Плохим знаком стало и то, что заместителем к нему в Куйбышев (ныне г. Самара) был направлен А.К. Залпетер, разделивший судьбу своего «старшего товарища».
Строительство Куйбышевского гидроузла было передано НКВД СССР по постановлению СНК и ЦК ВКП(б) от 10 августа 1937 года и преследовало цели «…дальнейшей электрификации центральных районов европейской части СССР, осуществления широкого орошения Заволжья и улучшение судоходных условий по реке Волге»