20 августа 1938 года росчерком пера Сталин и Молотов решили судьбу многих чекистов-латышей, земляков Заковского. По спискам НКВД от 20 августа 1938 года проходило немало латышей, представителей «железной гвардии» Дзержинского: И.А. Апетер (начальник Соловецкой тюрьмы ГУГБ НКВД СССР), А.И. Аугул (начальник Командного отдела ГУПВО НКВД СССР), В.О. Банга (заместитель начальника УПВО НКВД Казахской ССР), Я.Я. Бушман (заместитель начальника пограничных и внутренних войск НКВД Восточно-Сибирского округа), Ж.А. Дербут (врид начальника УПВО НКВД Грузинской ССР), Э.Э. Крафт (помощник начальника ГУПВО НКВД СССР), О.Я. Нодев (нарком внутренних дел Туркменской ССР), П.П. Паэгле (заместитель начальника ОО ГУГБ НКВД Краснознаменного Балтийского флота), Э.П. Салынь (начальник УНКВД по Омской области), Ф.И. Эйхманс (заместитель начальника 9-го (специального) отдела ГУГБ НКВД СССР), А.В. Эйдук (начальник ИТЛ и строительства Южной гавани канала «Москва — Волга») и многие другие

29 августа 1938 года Заковский предстал перед Военной коллегией Верховного суда СССР. На предварительном следствии бывший комиссар госбезопасности 1-го ранга признал себя виновным, но на суде от прежних показаний отказался. В суде Заковский заявил: «Прошу учесть, что мною на следствии было оклеветано очень много честных людей… в отношении себя мне говорить нечего, так как я свою судьбу хорошо знаю»

Судьи, выслушав последнее слово подсудимого, вынесли окончательный, приговор — высшая мера социальной защиты. В тот же день (29 августа 1938 года) Заковский был расстрелян

В последний раз, перед тем как надолго кануть в забвение, его имя всплыло в документах 1 октября 1938 года, когда начальник первого спецотдела НКВД СССР старший майор госбезопасности И.И. Шапиро направил в ЦК партии донесение № 486 280: «Совершенно секретно. Лично Зав. ОРПО ЦК ВКП(б) тов. Маленкову. Направляются дела бывших работников НКВД, врагов народа Заковского Л.М. и Агранова Я.С. Приложение: 2 личных дела»