Воздушное прикрытие Ханко было довольно мощным. Охранявший базу 13-й истребительный авиаполк имел 30 самолетов И-16, 30 — И-153 и шесть зенитных батарей. Командовал авиаполком Герой Советского Союза полковник Иван Георгиевич Романенко, а зенитными батареями — майор Г. Г. Мухамедов.

Слабым местом противовоздушной обороны был совершенно необорудованный аэродром полевого типа в 8—10 км восточнее города — кое-как спланированное поле без специально оборудованных взлетно-посадочных полос и без укрытых стоянок для самолетов. Летчики с семьями жили в дачном поселке в 1,5–2 км от аэродрома, там же находились служебные помещения и кают-компания.

Перспективные планы не предусматривали строительства на Ханко большой базы для флота — хорошие и удобные порты имелись в прилегающих районах Балтики, строилась главная база Краснознаменного Балтийского флота в Лужской губе. Военно-морская база Ханко предназначалась только для поддержки легких сил флота. Поначалу там дислоцировалась бригада торпедных катеров в составе двух дивизионов — всего 20 катеров типа Д-3. Но к 15 мая 1941 года в базе находилось только 14 катеров, а шесть проходили боевую подготовку в Рижском заливе. В сентябре 1940 года в порту Ханко базировалось и 16 малых подводных лодок 3-й бригады, предназначавшихся для действий на шхерном фарватере, ведущем в Турку. Однако, по решению Военного Совета флота, все они ушли в Палдиски (последние три — М-95, М-98 и М-103 — в 6 ч 22 июня 1941 года). В базе стояли также дивизион кораблей ОВР и дивизион пограничных катеров.

В середине июня 1941 года на полуострове Ханко и прилегающих островах находилось свыше 30 тыс. военнослужащих и гражданских лиц — работников порта и рыболовецкой артели, пожарников, смотрителей маяков. Имелась на Ханко и гарнизонная комендатура (комендант — старший лейтенант Орлов).