На складах базы хранились запасы всех видов снабжения из расчета на полгода обороны.
На базе были подготовлены два госпиталя. Стационарный располагался в зданиях бывшей городской больницы, а полевой находился в расположении 8-й стрелковой бригады на «дальнем севере», где для него были отрыты специальные подземные укрытия.
Как отмечают финские исследователи, под руководством генерал-майора береговой артиллерии Сергея Ивановича Кабанова
Пограничной зоной арендованного СССР района Ханко по соглашению обеих сторон была определена полоса шириной от 400 до 1000 м, в которой запрещалось нахождение гражданского населения. Между представителями пограничников была организована специальная телефонная связь.
В отношениях между пограничниками происходили трения, ощущалась натянутость отношений. Иногда дело принимало анекдотический характер: например, был случай, когда финские пограничники пытались вернуть двух собак, перебежавших через границу с советской стороны, однако наш пограничник отказался их принять и не подписал акта о поимке собак, сказав, что у него нет таких полномочий. Собаки остались на финской стороне…
Были и намного более серьезные инциденты. Однажды два финских прапорщика случайно, по их словам, перешли границу базы, были задержаны и отправлены в Кронштадт. В течение двух недель на запросы финской стороны следовал неизменный ответ по телефону: «Мы не обнаружили ваших прапорщиков…». Тогда финский погрануполномоченный майор фон Хартман и рядовой Б. Штакельберг подползли к двум нашим пограничникам, спрятавшимся от дождя, оглушили их и перетащили на свою сторону. Через несколько дней финские прапорщики и советские пограничники были обменяны на восточной границе Финляндии; правда, майор фон Хартман официально получил строгое взыскание от своего начальства.
В апреле 1941 года Особому отделу ВМБ Ханко (начальник — полковой комиссар Я. А. Кривошеев) стало известно, что данные о численности войск базы и другие секретные сведения попадают в руки иностранной разведки, причем по характеру сведений можно было предположить, что «враг скрывается где-то рядом».