Однако наряду с этими положительными сторонами новой обстановки на театре существовали и отрицательные, имевшие весьма существенное значение. Фланговые базы — Либава, Ханко, Выборг — находились в непосредственной близости к государственной границе и при отсутствии надлежащей организации обороны могли оказаться уязвимыми участками в системе базирования флота.

Почти все северное побережье от советско-финской границы до Ханко оставалось под контролем Финляндии, союзницы Германии. Оно изобиловало большим количеством выходов из шхер, соединенных продольными шхерными фарватерами, позволяющими скрытую рокировку легких сил и подводных лодок противника. Финское побережье имело ряд сильно укрепленных районов, вооруженных дальнобойной артиллерией, простреливавшей акватории до середины Финского залива и даже северные подходы к главной базе — Таллину. Поэтому все судоходство в первые месяцы войны пришлось осуществлять вдоль южного побережья по малым глубинам для затруднения действий подводных лодок противника.

Линия наблюдательных постов и сеть финских аэродромов давали противнику возможность непрерывного наблюдения за нашими перевозками, особенно в светлое время суток. Таким образом, на всем протяжении наша основная коммуникация Кронштадт — Таллин — Ханко была под контролем и возможным ударом противника.

Новые ВМБ были совершенно не приспособлены для базирования военного флота. По существу, кроме акваторий и ограниченного причального фронта, почти ничего не было, ремонтные базы существовали только в Либаве и Таллине. Гавани, оставшиеся без изменений еще от царской России, а местами пришедшие в ветхость, не были рассчитаны на базирование таких кораблей, как эсминцы, не говоря уже о более крупных. Необходимо было выполнить большой объем строительных работ по созданию инфраструктур баз флота.

Увеличение протяженности береговой черты, количества портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига), и в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного, хорошего вспомогательного флота, а его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени.