Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных — два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовали постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.

ВМБ Ханко, по существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т. к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией и перевозки секретными быть не могли.

Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.

К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.

Важнейшим был вопрос о создании сухопутной обороны. Таким образом, хотя флот и получил выгодные позиции на Балтийском море и в Финском заливе, эти позиции для действий флота оборудовать не успели.

По предвоенным документам, оборона военно-морских баз с суши возлагалась на армию, а флот должен был решать эту задачу с моря и воздуха. Ни одна из военно-морских баз КБФ, кроме Ханко, не имела заранее подготовленной сухопутной обороны.