Отдельно существовал и инспекторат юнкерских школ СС. Известны следующие инспектора: Вальтер Шмитт с 5 мая 1937 г., затем Карл фон Тройенфельд, с 2 декабря 1939 г. до начала апреля 1941 г., затем Вальтер Крюгер, с апреля 1941 г. и до середины августа 1941 г.

Важно помнить, что обучение в юнкерской школе следовало всем нормативным инструкциям, которые в целом были схожи для всех немецких военных школ. Как правило, это касалось военной подготовки. Различные командные инстанции вермахта периодически рассылали по военным школам и тыловым частям директивы, направленные на введение в программу боевой подготовки тех или иных аспектов военного дела, в основном с учетом новейшего военного опыта, и эти директивы неукоснительно выполнялись. Однако влияние армейского командования на юнкерские школы СС было все же ограниченным, поскольку рейхсфюрер СС крепко держал их в своем ведомстве. Именно СС решало все важные для школ вопросы: кадровые, учебные и так далее. Для армии, как правило, все ограничивалось контролирующими инспекционными поездками в школы. Действительно, Бад-Тёльце часто посещалось различными начальниками ведомств по подготовке будущих офицеров вермахта, люфтваффе и кригсмарине, а также командирами армейских военных школ; как правило, вслед за этими визитами действующие нормативные инструкции еще более ужесточались. Они касались вопросов боевой подготовки и чаще всего были действительно актуальными. Однако составление учебной программы и планы курсов оставались прерогативой СС, причем командование школ имело даже некую автономию в этом вопросе. Как правило, на армейских офицеров производило положительное впечатление увиденное в Бад-Тёльце, хотя бывали и исключения (подробнее о положительных и об отрицательных впечатлениях речь будет идти ниже).

Когда 20 июля 1944 г. Гиммлер был назначен командующим Армией резерва, в его подчинении оказались все армейские военные школы (находящиеся на территории рейха и подчиненные Армии резерва). Понятно, что рейхсфюрер СС стремился к унификации подготовки офицеров, намереваясь перенести достижения войск СС на весь вермахт. Добиться этого ему, по понятным причинам, не удалось.