Война и начавшееся расширение войск СС привели к изменениям в учебной программе и структуре юнкерских школ СС. Длительность учебного курса, в сравнении с довоенным, сократилась. Во время войны в Бад-Тёльце были открыты новые юнкерские классы — сначала для офицеров резерва, затем для иностранцев и специальные классы для инвалидов.

Хорошо известно, что уже в сражениях 1939–1940 гг. войска СС показали себя на высоте. С другой стороны, успешная Западная кампания 1940 г. для войск СС была омрачена высокими потерями, на что обратили внимание на самой вершине руководства рейха. Отчасти это было связано с наличием в эсэсовских частях неопытного офицерского состава. В связи с этим Николаус фон Белов, адъютант Гитлера от люфтваффе, вспоминал: «Поход во Францию выдвинул несколько весьма оживленно обсуждавшихся в окружении Гитлера вопросов. В частности, о потерях войск СС. Вследствие ухарского, легкомысленного и неопытного командования пока еще немногими соединениями этих войск они понесли невероятно большие потери. Молодых эсэсовских солдат бросали в бой необдуманно и нелепо, и — что было особенно удивительно — безответственно. Гитлер говорил об этих потерях и о возможностях их сократить»

Касательно высоких потерь эсэсовских частей в литературе часто можно встретить спекуляции, что якобы молодые офицеры СС, выпускники юнкерских школ, совершенно не ценили жизнь как своих солдат, так и свою собственную. Это пошло от утверждения X. Хене: «Офицеры вермахта столкнулись с тем, что фюреры войск СС так и не научились бережно относиться к вверенным им людям. Многие из них действовали, исходя из заученного в юнкерских школах тезиса: „Высшая заповедь войск СС — нести смерть и принимать ее, если придется, мужественно“»

Коссенс заметил, что действительности утверждение о «смертных установках» не соответствует, а «если бы и узнали, что в юнкерской школе существует подобная установка, то она была бы немедленно и решительно аннулирована»