Секция S-1 была реорганизована. В нее вошли представитель В. Буша Дж. Конант, председатель Л. Бриггс, заместитель председателя Дж. Неграм, ответственные за выполнение программы А. Комптон, Э. Лоуренс, Г. Юри, председатель Бюро технического планирования Э. Мерфи, консультант по технике Г. Венсель, члены С. Алисон, Дж. Бимс, Г. Брейт, Э. Концон и Г. Смит.

В результате реорганизации руководство работами было сосредоточено в руках небольшой группы, в которую входили Буш, Конант, Бриггс, Комптон, Юри, Лоуренс и Мерфи. Причем Комптон, Лоуренс, Юри и Мерфи отвечали только за свои разделы программы.

17 июня 1942 г. Буш представил президенту доклад, в котором изложил план расширения проекта по созданию атомной бомбы. В докладе содержались следующие положения:

1. Несколько килограммов урана-235 или плутония-239 представляют собой взрывчатку, эквивалентную по мощи нескольким тысячам тонн обычных взрывчатых веществ. Такую бомбу можно взрывать в нужный момент.

2. Существует четыре практически осуществимых метода получения делящихся веществ: электромагнитное разделение урана, диффузионное разделение урана, разделение урана на центрифугах с получением делящегося изотопа урана-235, а также получение плутония-239 с помощью цепной реакции. Нельзя определенно утверждать, что какой-то один из этих методов окажется лучше других.

3. Можно проектировать и строить довольно крупные промышленные установки.

4. При наличии фондов и прерогатив программу действий, по-видимому, необходимо начать по возможности скорее, чтобы она приобрела военное значение.

Одобренные президентом материалы были возвращены Бушу. Рузвельт отдал приказ немедленно начать работы по созданию атомной бомбы.

Летом 1942 г. проект был передан в ведение армии. 18 июля 1942 г. полковник Дж. Маршалл получил указание для выполнения специальной работы образовать новый округ инженерных войск, для чего предстояло провести огромный комплекс организационных мероприятий, исследовательских и промышленных работ.