Округ был официально учрежден 13 августа 1942 г. и назван Манхэттенским. Работа, которая здесь производилась, в целях секретности была названа Проектом ДСМ (разработка заменяющих материалов).
Руководителем проекта был назначен 46-летний бригадный генерал инженерных войск Л. Гровс, не имевший ничего общего с ядерной физикой. Он хорошо разбирался в строительных работах, промышленных проблемах, производственных графиках, финансовых вопросах, знал мир промышленных дельцов. Его крутой нрав был известен 30-тысячной армии мобилизованных рабочих - строителей армейских казарм и здания военного ведомства Пентагона. Это был типичный представитель когорты "надзирателей в погонах", которых американское правительство наделяло чрезвычайными полномочиями и назначало на посты руководителей различных учреждений Манхэттенского проекта. Он не имел опыта общения с учеными, названными им в речи, с которой он выступил в Лос-Аламосе через несколько месяцев после назначения, "дороговатыми чокнутыми котелками".
Заместителями Л. Гровса были назначены генерал Т. Фарелл и полковник К. Николе.
23 сентября 1942 г. состоялось совещание лиц, назначенных Рузвельтом для выработки общей политики в осуществлении проекта. На совещании присутствовали военный министр Г. Стимсон, начальник генерального штаба генерал Дж. Маршалл, Дж. Конант, доктор В. Буш, генерал-майор Б. Сомервелл, генерал-майор В. Стайер и бригадный генерал Л. Гровс. Был создан Комитет военной политики, состоявший из Буша (председатель), Конанта, Стайера и контр-адмирала Парнелла. Генералу Гровсу было поручено присутствовать на заседаниях комитета и действовать в качестве уполномоченного по осуществлению намеченной политики.
Все руководящие посты в учреждениях, занятых выполнением атомного проекта, с самого начала его осуществления были отданы представителям финансовых групп Моргана, Дюпона, Рокфеллера, Меллона.