Аэродинамическая компоновка Ан-71 выбиралась, исходя из необходимости обеспечения работы антенны РТК без зон затенения конструкцией самолета. Прорабатывались две схемы размещения АО: на специальном пилоне и на законцовке вертикального оперения (ВО). Коплекс-ный анализ схем показал преимущества последней, хотя при этом требовалось заново разработать хвостовую часть фюзеляжа и оперение. Было спроектировано ВО, имевшее обратную стреловидность, большие хорду и толщину. По сравнению с исходным Ан-72 почти на 4 м уменьшилось его плечо, что негативно сказалось на управляемости машины. Горизонтальное оперение (ГО), перенесенное на фюзеляж, попадая в зону воздействия реактивных струй от двигателей, должно было испытывать высокие вибрационные нагрузки. Для снижения этого негативного воздействия ГО придали довольно значительный угол поперечного «V» и спроектировали отогнутую вверх хвостовую часть фюзеляжа, что позволило приподнять ГО на 500 мм. При этом моментные характеристики самолета по тангажу все же заметно отличались от Ан-72.

На самолете использовали более мощные по сравнению с исходными двигатели Д-436К. Однако обеспечение заданных ВПХ (взлет с одним отказавшим двигателем) все же потребовало дополнительно установить и «разгонник» - РД-36А.

За необычный вид самолета пришлось расплачиваться необходимостью решения целого ряда проблем, среди которых:

- недостаточная устойчивость и управляемость самолета в боковом и продольном каналах;

- необходимость установки двузвенного, четырехсекционного руля направления большой площади, что усложнило управление и заметно снизило эффективность триммера руля;