Вскоре после взлета машина вошла в режим прогрессирующих продольных колебаний, и экипажу с большим трудом удалось ее посадить. В следующих полетах это явление повторилось, и испытания были прерваны. ОКБ провело доработки системы управления. 17 ноября Ту-22Б вновь поднялся в воздух, и Ковалев отметил значительное улучшение устойчивости и управляемости. Однако вскоре летчик заметил падение давления масла в двигателе и выключил его. «Тяжелая машина стала быстро терять высоту. Убедившись, что до аэродрома не дотянуть, Ковалев сел на брюхо в поле у реки Пехорка. При ударе о мерзлую землю (стояли лютые морозы) кабина экипажа оторвалась, проползла несколько метров и замерла. Все люки и форточки от деформации каркаса заклинило, и экипаж оказался в плену.

Хвостовая часть Ту-22У

Обтекатель станции СПС-151

Основная опора шасси

Хвостовая часть с двигателями загорелась, летчики видели отсветы пламени на снегу. Ковалев сказал по телефону штурману B.C.Паспортникову: «Ты как хочешь, а я живьем гореть не буду и катапультируюсь». На земле это самоубийство. По счастью, примчались машины ЛИИ, и пленников освободили. Аварийная комиссия докопалась до первопричины аварии, ею оказалась масляная трубка от двигателя к манометру, лопнувшая точно на границе между мотогондолой и самолетом.»*

Машины первых серий, несмотря на принятые меры, все же имели склонность к раскачке по тангажу. Как свидетельствует В.П.Борисов, ведущий летчик-испытатель в ОКБ по Ту-22 с конца 1960 г. по 1968 г., причина этого явления состояла в следующем. С ростом скорости полета под действием скоростного напора крыло закручивалось, и угол атаки его концевых сечений уменьшался.