Лодка новой амфибии была разделена на отсеки водонепроницаемыми шпангоутами-переборками, которые при простреле или повреждении любых двух отсеков обеспечивали плавучесть и непотопляемость самолета. Одной из особенностей Бе-12 являлось наличие объемного грузоотсека, в котором размещалась боевая нагрузка, причем загружать его можно было и на плаву, для чего в палубе имелся люк. Ранее создание большого герметичного люка в днище лодки было неразрешимой задачей. У Бе-6 вооружение подвешивалось под крылом, что создавало ряд проблем. В ОКБ МС эту задачу впервые решили на Бе-10.
Отличительной чертой Бе-12 от сухопутных самолетов было то, что входные двери открывались вовнутрь. Это сделано для покидания лодки в случае ее затопления, т.к. при этом открыть дверь наружу не позволит давление воды. Однако при покидании самолета в воздухе, особенно при высоких скоростях, набегающий поток может "размазать" парашютиста по корпусу лодки. Поэтому перед задней дверью, через которую предстояло спасаться радисту, в момент эвакуации должен открываться специальный щиток. Его предусмотрели после того, как с самолетом еще до первого вылета ознакомился парашютист Николай Романюк.
Этот щиток в ходе заводских испытаний принес немало хлопот. Сначала не выдерживал нагрузки от напора воздуха подкос, удерживающий его в открытом положении. После усиления подкоса стал прогибаться сам щиток. Проблема была решена после установки гидравлического демпфера. Позднее размер щитка был несколько увеличен.