Бе-12 был весьма плотно "нафарширован" радиоэлектронным и электрооборудованием, от надежной работы которого зависели и безопасность полета, и выполнение боевого задания. Поэтому к системе электроснабжения при ее создании предъявлялись весьма жесткие требования по безотказности. В результате амфибия Бериева стала одним из первых самолетов в стране, на котором системы электроснабжения были выполнены с учетом бесперебойного питания потребителей от двух независимых источников со 100% резервом и обеспечена качественная селективность сети.

Стрелковое вооружение опытного Бе-12 состояло из подвижной палубной пушечной установки. Новая амфибия оснащалась передовым на то время ра- диоэлектронным оборудованием, позволявшим решать задачи самолетовождения, инструментальной посадки в условиях ограниченной видимости и ночью, а также вести поиск подводных лодок противника. При его размещении был решен ряд проблем, связанных со спецификой работы аппаратуры в условиях гидросамолета: обеспечена электронная совместимость антенных устройств; на глиссирующей части днища за кабиной летчиков размещен люк для выдвигавшейся вниз антенны РЛС "Инициатива"; создан совместно с ВИАМ и установлен обтекатель для антенного поста радиолокационного доплеровского измерителя путевой скорости и угла сноса самолета, способный сохранять стабильность радиотехнических параметров после длительного пребывания его в морской воде; выполнены в немагнитном исполнении корма лодки, хвостовое оперение, хвостовая опора шасси и размещенное в хвостовой части самолета оборудование.

Существенным отличием Бе-12 от Бе-6 и Бе-10 было собственное шасси. Оно позволяло самолету не только взлетать и садиться на сушу, но и своим ходом сходить с берега в море или выкатываться на берег.