Кроме того, опыт работ по Р-101 и э -103 свидетельствовал о том, что для :оздания столь сложных систем, как зенитные ракетные комплексы, необходимо объединение усилий организаций и предприятий различных министерств и зедомств, что труднодостижимо при естественном стремлении каждого из отрас- певых руководящих органов решать в первую очередь собственные задачи. С цругой стороны, положительные результаты выполнения советской атомной программы указывали на то, что для достижения не менее важной цели - разработки создания эффективного оружия противовоздушной обороны - необходимо принятие на самом высоком уровне соответствующей целевой программы и создание специального вневедомственного общегосударственного органа, курируемого ответственным партийно-правительственным руководителем очень высокого ранга.
Соответствующая концепция организации работ была реализована при создании по Постановлению Правительства от 9 августа 1950 г. № 3389-1426 первой зенитной ракетной системы «Беркут», в дальнейшем получившей наименование «Система-25» (С-25). В качестве головного разработчика было избрано КБ-1 - организация, уже накопившая некоторый опыт создания управляемого ракетного оружия. Общее руководство программой было поручено члену Политбюро ВКП(б), заместителю Председателя Совета Министров Л.П. Берии. Вскоре был учрежден рабочий орган для координации работ - Третье главное управление при Совете Министров.