Война перечеркнула все планы по обучению летчиков и штурманов. Директивой Начальника Генштаба КА №орг/3/524 369 от 30 июня 1941 г. 1-ю ВВШ к 1 августа приказывалось реорганизовать в Учебный центр по переучиванию летно-технического состава и формированию новых частей для Действующей Армии на самолетах МиГ-3.

Тяжелейшие потери первого военного месяца заставили командование Красной Армии пойти на ряд экстраординарных мер. На основе директивы Генштаба КА № 538020 с/с от 15 июля 1941 г. из личного состава 1-й ВВШ ВВС КА началось формирование 1-го дальнего разведывательного авиационного полка Главного Командования в составе 32 экипажей. Формировал полк генерал-майор Беляков. В период с 20 июля по 1 ноября 1941 г. 1-й ДРАП ГК произвел 361 боевой вылет на дальнюю разведку, суммарный налет днем и ночью составил 1675 ч 22 мин. Полк понес тяжелейшие потери – 31 самолет ДБ-3, СБ и Пе-3, 65 человек летного состава только убитыми.

В июле 1941 г. делалось все возможно и невозможное, чтобы усилить авиацию Действующей Армии. Достаточно вспомнить; примерно в одно время с 1-м дальним разведывательным авиационным полком Главного Командования, формировалось два истребительных авиационных полка, куда набирали летчиков-испытателей НИИ ВВС и ЛИИ. 17 июля 1941 г. появилась еще одна Директива Генштаба, связанная с 1-й ВВШ: на базе школы приказывалось сформировать 207-й дальнебомбардировочный авиационный полк в составе 52 экипажей (39 экипажей на матчасти школы, 13 экипажей ~ на матчасти Липецких авиакурсов).

Осенью на основании телеграммы № Г/192 начальника штаба ВВС КА от 14 октября 1941 г. готовилось перебазирование школы в Сталинград, но затем новым местом дислокации был определен г. Карши в Средней Азии. Тогда же из школы был выведен истребительный отдел, который эвакуировали в г. Аджикабул (Закавказский военный округ). С 27 июля по 15 октября 1941 г. истребительным отделом школы переучено на самолет МиГ-3 350 летчиков, сформировано и отправлено на фронт 15 истребительных авиационных полков.