Через год адмирал Эссен назначил Колчака флаг-капитаном оперативной части Штаба Командующего Балтийским флотом и в то же время командиром эскадренного миноносца «Пограничник», являвшегося посыльным судном адмирала Эссена, на котором адмирал часто поднимал флаг, когда ходил на осмотр различных частей флота. Главная деятельность Колчака заключалась в продолжении подготовки флота к войне и в тактическом его обучении.

Весной 1914 года появились грозные признаки приближения войны и Колчак был освобожден от должности командира «Пограничника», чтобы сосредоточить все свое внимание на оперативной работе.

Летом началась война. Мобилизация флота прошла в изумительном порядке, по планам, подготовленным Колчаком. Каждый командир судна Балтийского флота помнит, как по сигналу о мобилизации, распечатав всегда хранившийся у него оперативный пакет, он точно знал свою задачу, место сосредоточения, планы минных заграждении и т. п.

С началом мобилизации был успешно выполнен план загражденья выхода из Финского залива минами — между островом Нарген и мысом Паркалауд было поставлено восемь линий, из 6000 мин. Благодаря этим минам неприятельский флот, несмотря на подавляющее превосходство сил над нами, в течение всей войны ни разу не пытался форсировать вход в Финский залив.

А. В. Колчак, как флаг-капитан оперативной части, руководил всеми операциями флота и лично участвовал в выполнении их. Когда командующий флотом ходил в море, Колчак всегда был с ним, когда же операции производились под командованием других флагманов, Колчак ходил в море, чтобы помочь своим советом и знанием обстановки. Он считал, что для того, чтобы составлять оперативные планы, необходимо лично участвовать в их выполнении, иначе планы могут не соответствовать обстановке.

Осенью 1914 г. адмирал Эссен расширил операции флота, занявшись постановкой мин на подходах к не приятельским портам Данцигу и Килю, пользуясь темными ночами.