Это было в 1908 г. Осенью 1909-го года экспедиция ушла через Суэцкий канал на дальний Восток, чтобы летом 1910 года начать дальнейший переход через Берингов пролив «Вайгач» и «Таймыр» прибыли во Владивосток несколько поздно, поэтому было решено остаток 1910 г. посвятить съемкам и астрономическим наблюдениям до мыса Дежнева, затем перезимовать во Владивостоке и продолжать главную экспедицию весной 1911 года. В это время морским министром был назначен адмирал И. К. Григорович, который энергично взялся за дело воссоздания флота и решил провести в жизнь проекты Морского Генерального Штаба. Новый министр решил, что участие Колчака в его работе необходимо, и приказал ему оставить экспедицию и вернуться в Петербург.

Колчак прибыл в Петербург зимой 1910 г. и назначенный начальником Балтийского Оперативного Отдела Штаба, с полной энергией приступил к работе в Морском Генеральном Штабе.

Во время пребывания на этой должности он детально разработал план войны на Балтийском море, основы которого были установлены еще в 1906 году, малую и большую программы судостроения и оборудования портов и приморских крепостей, основы мобилизации флота и т. д. Колчак работал совместно со Штабом Командующего Морскими Силами Балтийского моря адмирала Н. О. Эссена. Морской Министр провел все эти планы в жизнь, получив согласие Государственных думы и Совета на ассигнование необходимых средств. Этот период деятельности Морского Министерства следует считать наиболее продуктивным в смысле проведения в жизнь намеченных ранее мероприятий.

В 1912 г. адмирал Эссен сказал Колчаку, что он хотел бы, чтобы он перешел на командные должности в составе Балтийского флота. К этому времени все основные вопросы подготовки к войне уже были разрешены, оставалось только руководить проведением их в жизнь. Уход Колчака из Морского Генерального Штаба был возможен, и он был назначен командиром эскадренного миноносца «Уссуриец».