И действовали эти силы очень эффективно. Так, только в течение 7 октября, отражая нападения авиации противника на город, летчики 87-й эскадрильи и артиллеристы кораблей заявили о шести сбитых самолетах врага. При этом особо отличился командир эскадрильи капитан Г. И. Агафонов, который за два вылета сбил четыре немецких бомбардировщика (был награжден орденом Ленина).

С угрозой реального захвата Мариуполя советским командованием было принято решение срочно вывести из порта и других стоянок вдоль побережья, к которому выходил противник, суда торгового и рыболовного флотов. Основная роль в эскортировании отводилась судам Азовской флотилии.

Для руководства боевыми действиями сил и завершения эвакуации города 7 октября в Мариуполе был создан береговой штаб во главе с начальником штаба флотилии капитаном 2-го ранга И. А. Фроликовым

8 октября Мариуполь был оставлен. Последние корабли, принявшие на борт руководителей города (сам командир флотилии капитан 1-го ранга Александров ушел на сторожевом корабле «Мариуполь»), под обстрелом врага выводили из Мариупольского порта задержавшиеся транспорты. Не обошлось и без потерь. При выходе из главной базы огнем противника был потоплен буксир «Саламбала». Оставшиеся корабли флотилии самостоятельно отошли в Керчь и Ейск.

На основании приказа главнокомандующего Северо-Кавказским направлением от 3 мая 1942 года был сформирован Отдельный Кубанский отряд кораблей. Для его формирования из состава ОДО были переданы два отряда заграждения и ряд сторожевых катеров. 4 августа в состав отряда были включены также монитор, 2 канонерские лодки, 4 бронекатера. Перед отрядом ставились следующие задачи:

— ведение борьбы с минами противника;

— обеспечение коммуникаций на реке Кубань и в Ахтанизовском лимане;

— поддержка с моря войск 47-й армии, ведущих бои на Таманском полуострове. Боевые действия корабли отряда вели до конца августа 1942 года.