К июлю 1942 года флотилия состояла из монитора, 8 канонерских лодок, 3 сторожевых кораблей-тральщиков, 7 бронекатеров, 7 торпедных катеров, 35 сторожевых катеров, 9 катеров-тральщиков, 23 полуглиссеров, 9 артиллерийских батарей, отдельных артиллерийского и зенитного артиллерийского дивизионов, 4 батальонов морской пехоты, 2 бронепоездов, 44 самолетов.

Флотилия поддерживала боевые действия 9, 47, 51 и 56-й армий, участвовала в Керченско-Феодосийской десантной операции (25 декабря 1941 — 2 января 1942 г.), эвакуировала войска Крымского фронта с Керченского полуострова в мае 1942 года, содействовала переправе войск 56-й армии через Дон. Батальоны морской пехоты длительное время отражали атаки противника на Таманском полуострове.

Флотилия первого состава была расформирована на основании приказа командующего Черноморским флотом от 8 сентября 1942 года. Корабли, тыловые и обеспечивающие части и органы управления были переданы в состав Новороссийской и Керченской военно-морских баз, 2-й бригады торпедных катеров, других частей, морская пехота — на формирование частей морской пехоты.

Бронепоезда в боях на Донбассе

Принято считать, что бронепоезда являлись неотъемлемым атрибутом Гражданской войны, однако малоизвестно, что они сыграли определенную роль и в событиях первого этапа войны. С приближением фронта к Донбассу в июле — августе 1941 года на предприятиях транспорта стали экстренно сооружать бронепоезда, бронеплощадки и бронедрезины. Благо все необходимое было, что называется, под рукой. Уже в сентябре 1941 года в Донбассе ударными темпами было построено около двух десятков бронепоездов. Сооружали их рабочие и инженерно-технические работники разных специальностей — металлурги, железнодорожники и машиностроители Сталина, Ясиноватой, Красного Лимана, Славянска, Ворошиловграда, Попасной, Мариуполя, Волновахи, Дебальцева, Енакиева, Макеевки и Мушкетова.