К началу Великой Отечественной войны советский Черноморский флот являлся вторым по составу сил после Балтийского, но имел перед последним целый ряд преимуществ. Прежде всего это было связано с исторически сложившейся системой базирования. В отличие от балтийцев, которые почти все свои базы стали осваивать только в 1939 г., черноморцы свои получили в наследство еще от императорского флота и планомерно обустраивали их в течение последних двадцати лет. Проблемы, связанные с вновь включенными в состав Советского Союза западными регионами, черноморцев почти не коснулись: лишь подчиненная Черноморскому флоту Дунайская военная флотилия развернулась за пределами границ 1939 г.

Черноморский флот возглавлял Военный совет в составе командующего вице-адмирала Ф.С. Октябрьского, члена Военного совета дивизионного комиссара Н.М. Кулакова и начальника штаба контр-адмирала И.Д. Елисеева. Главной базой флота исторически являлся Севастополь. Кроме этого на театре имелись Одесская (командир — контр-адмирал Г.В. Жуков), Николаевская (командир — контр-адмирал И,Д. Кулишов) и Новороссийская (командир — капитан 1-го ранга А.П. Александров) военно-морские базы, а также ВМБ Батуми (командир — генерал-майор береговой службы М.Ф. Куманин). Главной базой Дунайской флотилии являлся Измаил. Кроме этого части флота базировались на Очаков и Поти, а в Феодосии находился полигон научно-исследовательского минно-торпедного института. В случае необходимости флот мог использовать в качестве маневренных баз порты Крымского и Кавказского побережий — Очемчири (база морпогранохраны), Сухуми, Геленджик, Анапу, Ялту, Ак-Мечеть.

Военно-воздушные силы флота располагали развитой аэродромной сетью на Крымском полуострове (23 сухопутных и 7 морских) и на юге Украины (21 сухопутный и 5 морских). На Кавказе и в недавно приобретенной Бессарабии аэродромов наоборот оказалось мало (17 сухопутных и 3 морских). Большая часть сухопутных аэродромов ВВС флота имела недостаточное оборудование, ко многим из них не было удобных подъездных путей. На аэродромах отсутствовали защищенные командные пункты, укрытия для самолетов и личного состава. Взлетно-посадочная полоса с твердым покрытием имелась только в Сарабузе.