К середине 1941 г. продолжалась реконструкция старых и строительство новых военно-морских баз и аэродромов. Готовность баз легких сил в Поти, подводных лодок в Южной бухте Севастополя и торпедных катеров в Очакове составляла 70–80 %. Реконструировалась Главная база флота в Севастополе, разворачивалось строительство базы подводных лодок в Камышовой бухте. Незадолго до войны начались работы по возведению оградительных сооружений в Северной бухте Севастополя, по углублению Дунайских гирл, а также по строительству сухих доков для линейных кораблей в Инкермане (Севастополь) и Николаеве. Работы по оборудованию торговых портов под базы флота, за исключением Одессы, не велись.

Оборона морского побережья от возможных десантов противника осуществлялась флотом совместно с приморскими военными округами.

За оборону побережья от устья Дуная до Крымского перешейка отвечал командующий Одесским военным округом. От Крымского перешейка до устья реки Кача (включительно) и от Балаклавы до Керченского пролива — командующий 9-м стрелковым корпусом Одесского военного округа. Оборона участка Крымского побережья от устья р. Кача до Балаклавы (включительно) протяженностью 75 км возлагалась на береговую оборону Главной базы флота. Для этого в оперативное подчинение коменданту береговой обороны придавались 361-й стрелковый полк и два артиллерийских дивизиона 498-го гаубичного артиллерийского полка 156-й стрелковой дивизии 9-го стрелкового корпуса. За оборону всего Северо-Кавказского побережья от мыса Железный Рог до Адлера (включительно) ответственность нес командующий Северо-Кавказским, а за участок южнее Адлера до государственной границы с Турцией — командующий Закавказским военными округами. Кроме того, на Черноморском побережье находились береговые и морские части Черноморского и Грузинского округов пограничных войск НКВД.