Минно-заградительные действия противника в начале создали значительное напряжение для судоходства в районе Главной базы флота и вызвали потери в боевых кораблях и вспомогательных судах. В первые же дни войны у Севастополя на германских минах подорвались эскадренный миноносец «Быстрый», паровая шаланда «Днепр», буксир СП-12 и 20-тонный плавучий кран. К борьбе с неконтактными, и прежде всего с донными минами советский ВМФ готов не был. И это при том, что впервые с подобным оружием мы столкнулись еще в годы Гражданской войны и борьбы с иностранными интервентами. Правда, немцы не применяли неконтактные мины массированно, и это позволило чисто организационными мерами в сравнительно короткий срок несколько ослабить минную опасность в районе Севастополя, корабли и суда по фарватеру продолжали выходить из базы и заходить в нее.

Уже в 06:00 22 июня из Москвы ушла директива наркома ВМФ о начале постановки оборонительных минных заграждений, а в 09:29 — о развертывании подводных лодок в район между Констанцей и Сулиной, между Констанцей и Бургасом, но вне территориальных вод Болгарии. Подлодкам ставилась задача действовать на коммуникациях, но только по судам Румынии и Германии. Непосредственно на подходах к Констанце и Сулине приказали подводных лодок не развертывать, «ввиду предстоящей операции обстрела этих баз надводными кораблями».

Разрешение на активные боевые действия авиации против Румынии было получено только к вечеру 22 июня и то после настоятельной просьбы Военного совета ЧФ. В 15:08 22 июня командующий флотом направил наркому ВМФ телеграмму следующего содержания: «Немецкие самолеты непрерывно безнаказанно бомбят Измаил. Румынские мониторы уничтожают погранзаставы, а наша авиация ничего не делает. Прошу бомбить Тульчу, Исакчу; аэродромы противника». В ответ на это донесение через три часа получили телеграмму заместителя наркома адмирала И.С. Исакова, в которой указывалось, что «Сталин разрешил бомбить Тульчу, Исакчу, аэродромы. Передано Генштаб, для постановки задач ОДВО