Из документов фонда ВУА следует отметить отчеты о деятельности разведотделения штаба главнокомандующего за 1904 и 1905 гг., переписку военных агентов с Главным штабом, штабом Приамурского военного округа и штабом наместника, а также ряд других документов об организации разведки в Японии и на театре военных действий. Особого внимания заслуживает дело, озаглавленное «Сведения о распоряжениях, сделанных по главным управлениям Военного министерства по обеспечению Дальневосточных войск в течение войны»

Большой интерес представляет фонд 1 (Канцелярия Военного министерства), поскольку в нем хранятся документы, рассказывающие о деятельности практически всех структурных подразделений Военного министерства. В первую очередь это «Всеподданнейшие доклады по военному ведомству», «Материалы для всеподданнейших докладов», «Отчеты и обзоры по военному ведомству» (предназначавшиеся для военного министра) и отчеты Главного штаба. Эти документы содержат богатую информацию о всем Военном министерстве и его конкретных структурных подразделениях, огромное количество цифрового и фактического материала. В фонде имеются также проекты реорганизации военного ведомства, на основании которых была проведена реформа 1905 года, а также отзывы и заключения по этим проектам начальников главных управлений и военного министра.

Следует упомянуть дела под названием «О мерах, вызванных войной, по „...“ управлению». Содержащиеся в них документы рассказывают о работе конкретных главных управлений в годы войны: об изменениях в их структуре и штатном расписании, вопросах снабжения действующей армии и т. д. Представляют определенный интерес дела «О назначении и увольнении», содержащие немало сведений о верхушке руководства военного ведомства.

В фонде Главного штаба (ф. 400) представляет интерес переписка русских военных агентов со своим руководством накануне и во время войны, а также документы об организации и работе военной цензуры в 1904—1905 гг. Огромную ценность имеют для нашей работы документы о состоянии неприкосновенных запасов в военных округах после Русско-японской войны, наглядно показывающие то опустошение, которое произвели на складах военного ведомства поставки в действующую армию. Отчеты по Главному штабу отложилась в фонде Канцелярии Военного министерства.