Огромное количество материалов о работе Военного совета, Главного интендантского управления, взаимоотношениях командования действующей армии с Военным министерством, бюрократизме чинов военного ведомства и т. д. содержится в журналах заседаний Военного совета за 1904—1905 годы (ф. 831, оп. 1, дд. 938—954). Здесь же приводятся целиком или цитируются выборочно тексты телеграмм и телефонограмм командования действующей армии в Военное министерство, не сохранившиеся в других фондах. Журналы Военного совета являются бесценным источником для изучения механизма работы управленческого аппарата.

В фонде Военно-походной канцелярии (ф. 970) наибольший интерес представляют документы о деятельности флигель-адъютантов свиты Его Императорского Величества, командированных для наблюдения за ходом частных мобилизаций. Особенно «Свод замечаний», составленный на основании их донесений. Помимо общей характеристики мобилизационной системы Российской империи в «Своде» встречаются интересные сведения о неполадках в военной медицине.

Из документов фонда Главного интендантского управления (ф. 495) хотелось бы отметить переписку о заготовлении продовольственных припасов для войск действующей армии, переписку по делу сотрудника управления П. Э.Беспалова, похитившего секретные документы для ознакомления с ними поставщиков, а также отчет о деятельности Главного интендантского управления за 1904—1905 гг.

Фонд «Коллекция документов по Русско-японской войне» (ф. 487) включает в себя самые разные документы за период войны. Наибольшего внимания заслуживают: Проект реконструкции службы Генерального штаба, содержащий данные о разведке и контрразведке накануне войны, их финансировании и т.