В этих условиях Православные братства получают от константинопольских Патриархов права на «чрезвычайное управление Церковью», на контроль за деятельностью шатающихся в вере архиереев, церковного суда и т.п. В 1606 году Львовское Успенское Ставропигиальное братство получает право на управление Церковью на всех пределах России, вплоть до Москвы. Это происходит в пик русской смуты, когда польские оккупанты не допускают каноничного Московского Патриарха до управления Церковью.

Огромную роль сыграли братства в фактическом срыве Ватиканского плана Брестской унии – в католичество перешла только большая часть иерархии, но без духовенства и народа.

В 1666 году Ватиканская дипломатия в лице католиков-поляков наносит мощнейший удар по Русской Православной Церкви и России. Благодаря высокопрофессиональной интриге тайного католика – митрополита Газского Паисия Лигарида, пробравшегося к управлению Русской Православной Церковью, с патриаршего престола свергается Патриарх Никон, бывший одним из главных идеологов воссоединения Западной и Восточной России (именно благодаря Патриарху Никону Земский собор 1651 – 1653 гг. принимает решение объявить войну Польше).

Гонения и преследования, каким подверглось малорусское население в пределах Польши в религиозном и экономическом отношениях, вызвали ряд восстаний, средоточием которых явилась окраина польского государства – часть территории бывшей Киевской Руси, оккупированная поляками и названная ими Украиной. Первопричиной казацких восстаний явилась отнюдь не борьба за национальное освобождение малороссов, а лишь желание «не реестровой» части казачества стать «реестровой» – получать плату за службу польскому королю. Но одновременно с этим восстал и доведенный до предела малорусский народ. И казачество было вынуждено к нему присоединится , и, в конечном счете, возглавить.