Хотя губернатор провинции Кундуз Мохаммад Омар вскоре сообщил журналистам, что «в результате авиаудара авиации НАТО по украденным бензовозам погибли только талибы и воры», командующий Международными силами содействия безопасности в Афганистане генерал Стэнли Маккристал взялся лично провести расследование, чтобы точно выяснить число погибших и пострадавших, а также уточнить обстоятельства печального инцидента. Тем паче что начальник провинциальной полиции бригадный генерал Абдул Рахман сообщил СМИ, что от взрыва бензина погибли в том числе и мирные жители. Надо отдать должное генералу Маккристалу: вскоре он подтвердил информацию, озвученную афганским полицейским, - признал наличие жертв среди мирных жителей после той бомбежки. Миссия ООН по содействию Афганистану (UNAMA) также направила в район, где случилась трагедия, спецкомиссию для осуществления контроля за доставкой материальной помощи семьям пострадавших, а также прояснения истинных причин и подробностей инцидента. Таким образом, расследование по настоящее время проводится афганской государственной комиссией, представителями ООН и НАТО.

По распоряжению президента Афганистана Хамида Карзая главой правительственной комиссии, которая в течение двух дней расследовала обстоятельства бомбардировки, был назначен высокопоставленный представитель МВД этой страны Мирза Мохаммад Ерманд. В интервью национальному телевидению Афганистана он назвал главного виновника той трагедии - полевого командира движения «Талибан» муллу Абдурахмана. По словам офицера МВД, население Кундуза, те, кто потерял в этой трагедии родных и близких, должны знать, что ответственность за произошедшее несет мулла Абдурахман. Офицер сообщил, что захваченные талибами бензовозы принадлежали владельцу-афганцу, а полевой командир обманул людей, объявив, что это машины американцев.