В результате отбор по любому из этих признаков способен привести к быстрому изменению всей их плеяды. Принцип коррелированного ответа был впоследствии применен автором для объяснения быстрых и направленных изменений в ходе эволюции человека. К сожалению, написанная еще в то время монография Эфроимсона осталась неопубликованной. В 1938 г. в обстановке «охоты на ведьм» его исследования были насильственно прерваны дирекцией института, а уникальный опытный материал уничтожен. Пришлось уехать из Ташкента и искать работу. Лишь в 1939 г. ученый смог продолжить исследования в г. Мерефе на Украине, на Всесоюзной станции шелководства. За две недели до начала войны он защитил диссертацию.

Всю войну, с августа 1941 по ноябрь 1945 г., ученый провел на фронте, совмещая работу в санбате и переводчика во фронтовой разведке (немецкий знал блестяще). За боевые заслуги Эфроимсон был награжден многими орденами и медалями. В конце войны он совершил поступок, типичный для его этических принципов. Будучи очевидцем насилий над мирным населением Германии после вступления туда войск Красной Армии, Эфроимсон пишет рапорт-протест высшему командованию, предупреждая, что это усилит сопротивление противника и приведет к ненужным жертвам (так и получилось на деле). Протест послужил затем поводом к очередному аресту.

С ноября 1945 г. Эфроимсон — доцент кафедры дарвинизма и генетики Харьковского университета. В своих лекциях по теории генетики и селекции он критиковал взгляды Лысенко, перевел и распространил среди харьковских биологов критическую рецензию на книгу Лысенко американского генетика и эволюциониста Ф. Г. Добжанского. В 1947 г. Эфроимсон защитил докторскую диссертацию, однако степень доктора ему была присвоена лишь 15 лет спустя (кажется, своеобразный рекорд в советской науке). Приказом министерской комиссии Эфроимсон за свое открытое неприятие лысенковщины изгоняется с работы «за деятельность, порочащую звание советского педагога».