Оказавшись вновь без работы, он проводит документальный анализ огромного вреда «новаций» Лысенко для теории и практики сельского хозяйства и посылает свою работу в ЦК КПСС, в отдел науки. Однако события развивались в ином русле. В 1948 г. после августовской сессии ВАСХНИЛ последовал полный разгром генетики и многих сопредельных с ней областей биологии. А в 1949 г. Эфроимсон был вторично арестован. Хотя ему формально вменялся в вину рапорт 1945 г. («клевета на Советскую армию»), по существу это была расправа за открытое противостояние лысенковщине. После отсидки в казахстанских концлагерях (в основном работа кайлом, Эфроимсон долго еще похвалялся бицепсами на руках) он был реабилитирован лишь в 1956 г. Удалось устроиться библиографом по естественным наукам в библиотеке иностранной литературы.

Но коцлагерь не подавил в Эфроимсоне страсти к исканию справедливости и истины. Еще до реабилитации он посылает объемистую работу под названием «О подрыве сельского хозяйства Советского Союза и международного престижа советской науки» в прокуратуру СССР. Конечно, ответа не последовало. Тогда Эфроимсон публикует серию антилысенковских статей под видом библиографических обзоров и рецензий. Он возглавляет, таким образом, открытую оппозицию лысенковщине.

Одновременно Эфроимсон, работая библиографом, подготавливает уникальную сводку «Введение в медицинскую генетику». Опубликовать эту книгу еще до падения Лысенко было чрезвычайно трудно. В борьбу за ее публикацию включились многие ученые, и не только биологи. Сначала был подготовлен «макет» в количестве 100 экземпляров, и после получения многих отзывов и открытого обсуждения в АМН СССР книга вышла в 1964 г. Она сыграла выдающуюся роль в возрождении медицинской генетики в Советском Союзе. В 1967 г. Эфроимсон стал заведующим отделом генетики Московского НИИ психиатрии МЗ РСФСР. Он, наконец, получил возможность настоящей работы. Эфроимсон буквально фонтанировал идеями, многие из которых за короткое время успел воплотить в жизнь.