Его феноменальная работоспособность, богатейшая эрудиция, накопленный опыт позволили вывести лабораторию на ведущее место в отечественной генетике человека и особенно генетике психических болезней. Были сделаны новаторские исследования по генетике нервных болезней, генетике олигофрений, психозов, эпилепсии и шизофрении. Опубликован ряд монографий, в особенности следует отметить книгу «Генетика олигофрений, лсихозов и эпилепсии» (совместно с М. Г. Блюминой), вышедшую в 1978 г. В этой книге, в частности, дан ключ к разгадке большой изменчивости в характере проявления и наследования шизофрении. Владимир Павлович использовал для объяснения этого сформулированный еще в 20-е годы известным генетиком Б. Л. Астауровым (также учеником С. С. Четверикова) принцип независимого выражения и проявления мутантного признака на каждой из сторон билатерального органа или структуры. Мозг с его двумя функционально различными полушариями как раз и является такой структурой. Согласно идее Эфроимсона, при шизофрении наследуется предрасположенность к дефекту той или иной мозговой структуры на каждом из полушарий. Одностороннее поражение приводит к разбросу в проявлении и выражении аномалий поведения у шизофренических генотипов. И лишь симметричное двустороннее поражение определенных участков мозга приводит к ясно выраженной болезни.

В середине 70-х годов «век-волкодав» снова достал Эфроимсона. После оттепели началось возвращение к проекту «введения единомыслия». В борьбе с диссидентами правящая партийно-полицейская мафия стала использовать для внесудебной расправы психиатрию (наиболее вопиющий случай — заключение в «психушку» генерала Г. П. Григоренко, см. его воспоминания в журнале «Звезда», № 1 —12). Естественно, это вызвало открытые протесты Эфроимсона, и в 1975 г. ему пришлось уйти из Института психиатрии на пенсию.

С 1976 г. до конца жизни Владимир Павлович работал профессором-консультантом Института биологии развития АН СССР.