После этих учений в отставку ушли В. Я. Чичагов и И. А. Повалишин, оскорбленные тем, что им давал указания молодой любимец Императора Г. Г. Кушелев. Первоначально венценосный флагман, чтобы сократить расходы, отозвал из-за границы все русские эскадры. Однако политика буржуазной Французской республики заставила Императора активно поддержать антифранцузскую коалицию, направив войска в Европу, а эскадры — на Средиземное и Северное моря. Эскадра Ф. Ф. Ушакова в 1799 году овладела Ионическими островами, в том числе сильной крепостью Корфу, способствовала освобождению от французских войск государств, находившихся на территории современной Италии. На севере русские эскадры обеспечили перевозку десанта в Голландию (1799) и блокировали вместе с англичанами берега Франции. В этих плаваниях начинал свою морскую карьеру A. C. Грейг. Все прекратилось в 1800 году, когда Павел I, возмущенный вероломством союзников, отозвал армии и эскадры. Он готовился к войне на стороне Наполеона, но был убит заговорщиками.

Для Александра I основной силой служила армия, на переоснащение которой преимущественно и шли средства. Тем не менее, благодаря усилиям П. В. Чичагова, возглавлявшего Министерство морских сил России, были введены усовершенствования как в кораблестроение, так и в организацию морской службы. В начале XIX века было организовано первое кругосветное плавание, за ним последовали другие дальние походы русских судов. Эти плавания прерывали войны то с Турцией, то с Англией и Швецией, то с Наполеоном. В этих войнах A. C. Грейг участвовал как моряк и дипломат. Лучшая часть флота была направлена под командованием Д. Н. Сенявина на Средиземное море, где Грейг командовал эскадрой. Силы, оставшиеся на Балтике, оказались слишком слабы для господства и были нейтрализованы англо-шведским флотом. Черноморский флот не получил при этом достаточного развития. После разгрома Наполеона Император старался избегать войн. Для флота дела не находилось, он постепенно приходил в упадок.