Трудно найти в медицине вообще и в гомеопатии, в частности, положение, которое вызвало бы столько споров, недоверия и даже кривотолков, как третье положение гомеопатии — эффективность малых доз гомеопатических препаратов, применяемых для лечения больных. По Ф. С. Ганеману при разведении того или иного вещества происходит динамизация, потенцирование эффектов препаратов с появлением особых «скрытых сил» лекарства. Естественно, и это положение гомеопатии нуждается в экспериментальном и клиническом подтверждении с применением современной высокочувствительной аппаратуры.

Открытое в последние годы свойство воды кодировать, запоминать и передавать информацию также может свидетельствовать о правомочности третьего положения гомеопатии.

Одним из положительных аспектов по Ф. С. Ганеману является индивидуальный подход к лечению больного с учетом его конституции, особенностей труда, быта, условий питания, влияния окружающей среды.

Основополагающий принцип медицины всех времен и народов — лечить не болезнь, а больного находит воплощение и в гомеопатических канонах. Для некоторых препаратов удалось установить определенные закономерности их влияния на организм больного в зависимости от вышеперечисленных факторов. Например, если ухудшение состояния больного обусловлено неблагоприятной погодой, то в этих условиях лучше действует Дулькамара, а если симптомы заболевания проявляются на холодном и сухом ветру, то рекомендуют применение Аконита. При усилении болей во время движения назначают Брионию, ночные боли вследствие язвенной болезни желудка уменьшаются при назначении Арсеникум альбум или Анакардиум.