Епископ Христиан в 1217–23 гг. организовал три крестовых похода против пруссов. Они не дали ощутимых результатов. Римский папа Григорий IX в 1234 году провозгласил крестовый поход против пруссов, его участникам заранее отпускались грехи наравне с крестоносцами, ходившими воевать за Святую землю. Все будущие завоевания ордена в Пруссии объявлялись леном самого папы.

С этого года Тевтонский орден приступил к систематическому завоеванию Пруссии, на что ушло 50 лет. К 1240 году орден захватил 5 земель из 11 (Помезанию, Погезанию, Вармию, Бартию и Натангию). В 1257–58 годы та же участь постигла Самбию. Однако в 1260 году произошло мощное восстание населения, в результате которого орден утратил почти все свои завоевания. Погибло много крестоносцев, большинство их замков было разрушено. Только через десять лет, в 1273 году, орден снова покорил Погезанию, Вармию, Бартию, Натангию и Самбию. В течение следующего десятилетия (к 1283 году) крестоносцы подчинили себе все остальные прусские земли.

Ряд «нобилей» перешел на сторону захватчиков, получив привилегии от ордена. Часть коренного населения крестоносцы истребили. Освободившуюся территорию заселили колонисты из различных земель Германии, Нидерландов и Скандинавии. Остальные жители подверглись постепенной ассимиляции. При этом многие нобили превратились в так называемых «прусских братьев» — светских феодалов, вассалов ордена.

Часть пруссов в 1270–80-е годы бежала в лесистые районы нынешней Западной Беларуси. Они поселились возле Гродно, Слонима, Волковыска и стали частью народа литвинов.

Но и в самой Пруссии к началу XV века пруссы составляли еще около половины населения государства крестоносцев. В наиболее глухих его углах (например, в Самбии) они даже сохранили языческие верования и обряды. Последние пруссы, сохранвшие свой язык, вымерли на рубеже XVII–XVIII веков.